结膜炎的治疗，若是急性病毒性结膜炎，可点用类固醇眼药水，以减轻病情。细菌性结膜炎，则须投与抗生素药水、药膏，甚至口服或注射抗生素。

治疗慢性结膜炎，必须先找出原因。若是环境刺激原引起的，则尽量减少接触刺激源，如减少到公共场所(尤其是密闭室内)、减少接触吸烟及燃烧废弃物之烟灰。若是过敏原引起的，则避免接触花粉、油漆、灰尘。

若长期使用眼药水或眼药膏所引起的，可先停用眼药一段时间，点用不含药物及防腐剂之眼药水(如生理食盐水或人工泪液);而以毛巾热敷眼部(闭眼睛)一天三至四次，每次五至十分钟，也是简单易行而有效之方法。

若是慢性眼睑炎引起的，则治疗要花一段时间。将眼睑缘之分泌物清理干净;挤压睑板腺;以婴儿洗发精洗净睫毛毛根(每天三、四次);热敷并点消炎药膏等方法都有助益。

此外须特别提醒的是，结膜炎虽不是什么大毛病，但结膜炎并不是“眼部充血”的唯一原因。眼部充血除了结膜炎外，也要考虑是眼部其它疾病，如角膜破皮、虹彩炎、青光眼、角膜溃疡或是眼睛内部发炎等眼疾之警讯，不可以大意。